Zainut memulakan kerjayanya melalui Ikatan Pelajar Nahdlatul Ulama (IPNU), dan menjadi Ketua Umum PP IPNU selama dua penggal, yakni pada tahun 1988–1996.[1] Pada tempoh DPR RI sebelumnya, Zainut bertugas dalam Komisi VIII dalam bidang agama, hak wanita dan sosial. Sebagai tokoh organisasi Islam, Zainut banyak dipercayai sebagai pengawas, juga sempat menjadi anggota Lembaga Sensor Film pada 2009 hingga 2012, wakil setiausaha Badan Pelaksana Harian Dewan Syariah Nasional–Majelis Ulama Indonesia (DSN-MUI) penggal 2010–2015, Ketua Bidang Hukum dan Perundang-Undangan Majelis Ulama Indonesia (MUI Pusat), dalam Dewan Pengawas Syariah di AXA Mandiri, Dewan Pengawas Syariah LinkAja, dan timbalan Ketua Umum MUI pusat pada sesi 2015-2020.[3]